Первое зафиксированное упоминание о существовании Пардубиц идет от 1295 года, когда папа Бонифац VIII подтверждает в Пардубицах монашеский орден и храм святого Бартоломея. Первым собственником Пардубиц в начале 14-го столетия был Пута из Дубе. Около 1325 года сыновья Путы из Дубе обменяли Пардубице с рыцарем Арностем из Гостине. Его сын Арност из Пардубиц был первым пражским архиепископом. Так на историческую сцену входит шляхетский род панов из Пардубице, которые имели герб с передней бело-серебрянной половиной коня с золотой уздечкой на красном фоне. Завет Анрстова датированный 1340 годом является перывм подтверждением о существовании Пардубиц как города, точнее как подданского городка. В 1332-1340 годах Пардубице поднимается рангом до обычного городка. В 1390 году была уступлена часть владения Ганусу из Мильхейма. Следующим собственником после его смерти стал сначала гуситских воен Викторин Боцек из Кунстата. Возможно, что время гуситских воен в Пардубице нашел свое пристанище Ян Главач из Митрова.

В 1491 году Пардубице купил Вилем из Пернштейна, самый богатый дворянин тогдашнего Чешского Королевства. Он отметился руководство и застройкой города, которая была продолжена его сыновьями Войтехом и Яном. Эту исторически уникальные переход от водного корода к замку, можно видет и сейчас. Благодаря Пернштейнам появилась целое историческое городское ядро с ренесансной площадью, улицами и доминантой города Пардубице - Зеленой Брамой. Пардубицкий старый город с 1964 года стал городской исторической резервацией. После славного времени Перштейнов, которые в 1560 году продали Пардубице архикнязю Максимилиану Габсбургскому, наступает упадок, который был только усилен тридцатилетней войной.

С новым розмахом город начинает отстраиватся только в середине 19-го столетия, когда 20 августа 2845 года в Пардубице приехал первый поезд по первой чешской железной дороге от Оломоуца в Прагу. Во второй половине 19-го столетий город был постепенно подключен к другим железнодорожным трассам, что привело к расвету города. Возникают объекты промышленности, такие как винокурня, сахарный завод, Прокопова фабрика на мельнице, Фантова рафинерия минеральных масел и другие. Происходит развитие культуры, спорат и других направлений. В 1874 года впервые прошли Большие Пардубицкие скачки. Центром культуры становится, теперь уже не сущесвующий, отель Веселка. В 1909 году был построен городской театр. В 1903 году Бубенковых садах прошла Восточноческая выстава. В начале 20-го столетия Пардубице стали колыбелью чешской авиации, где в 1910 году инж. Ян Каспар осуществил первый перелет из Пардубице в Прагу.

После первой мировой войны продолжается дальнейшее развитие промышленности. Появляется Эксплозия - сегодня Семтин, а также Телеграфия, позже Тесла. В 30-х годах был построен и отель Гранд, музей. Во время второй мировой войны Пардубице подвергнулись 3 авианалетам авиации союзников. В 1951 году появились городские троллейбусы. В 1959 году был построен новый железнодорожный вокзал, поскольку строение старого вокзало было повреждено при авианалете. В шестидесятых годах начали строится Полабины на правом берегу Лабы. Затем были построены районы Дубина и Цыгельня.